How to install OpenBUGS on Linux

Fedora x64

OpenBUGSのコードはx86環境用なので、x64環境でインストールするには、glibc-devel.i686が必要となる。 OpenBUGSとR2WinBUGSとBRugsをインストールすれば、Linux上のRでもOpenBUGSを利用できる。

sudo yum install glibc-devel.i686
tar xvzf OpenBUGS-3.2.2.tar.gz
cd OpenBUGS-3.2.2 ; ./configure -prefix=/usr/local/WinBUGS ; make
sudo make install
mkdir ~/temp ; cd ~/temp
R
Sys.setenv("http_proxy"="http://130.153.8.66:8080/")
install.packages(c("gam", "MASS", "fda", "R2WinBUGS", "coda"), dependencies = TRUE)
sudo R CMD INSTALL BRugs --configure-args='--with-openbugs=/usr/local/OpenBUGS'

適当にOpenBUGSに計算させるコードを書いてから、下記のように実行すれば、動作は確認できる。

date()
result <- openbugs(data, 
  inits, 
  parameters=parameters.to.monitor, 
  model.file = "~/test.txt", 
  n.chains=1,
  n.iter=14000,
  n.burnin=4000,
  n.thin = 1,
  bugs.directory="/usr/local/OpenBUGS",
  working.directory=NULL)
date()