OpenBUGSのコードはx86環境用なので、x64環境でインストールするには、glibc-devel.i686が必要となる。 OpenBUGSとR2WinBUGSとBRugsをインストールすれば、Linux上のRでもOpenBUGSを利用できる。
sudo yum install glibc-devel.i686 tar xvzf OpenBUGS-3.2.2.tar.gz cd OpenBUGS-3.2.2 ; ./configure -prefix=/usr/local/WinBUGS ; make sudo make install mkdir ~/temp ; cd ~/temp R Sys.setenv("http_proxy"="http://130.153.8.66:8080/") install.packages(c("gam", "MASS", "fda", "R2WinBUGS", "coda"), dependencies = TRUE) sudo R CMD INSTALL BRugs --configure-args='--with-openbugs=/usr/local/OpenBUGS'
適当にOpenBUGSに計算させるコードを書いてから、下記のように実行すれば、動作は確認できる。
date() result <- openbugs(data, inits, parameters=parameters.to.monitor, model.file = "~/test.txt", n.chains=1, n.iter=14000, n.burnin=4000, n.thin = 1, bugs.directory="/usr/local/OpenBUGS", working.directory=NULL) date()