==== How to install OpenBUGS on Linux ====
=== Fedora x64 ===
OpenBUGSのコードはx86環境用なので、x64環境でインストールするには、glibc-devel.i686が必要となる。
OpenBUGSとR2WinBUGSとBRugsをインストールすれば、Linux上のRでもOpenBUGSを利用できる。
sudo yum install glibc-devel.i686
tar xvzf OpenBUGS-3.2.2.tar.gz
cd OpenBUGS-3.2.2 ; ./configure -prefix=/usr/local/WinBUGS ; make
sudo make install
mkdir ~/temp ; cd ~/temp
R
Sys.setenv("http_proxy"="http://130.153.8.66:8080/")
install.packages(c("gam", "MASS", "fda", "R2WinBUGS", "coda"), dependencies = TRUE)
sudo R CMD INSTALL BRugs --configure-args='--with-openbugs=/usr/local/OpenBUGS'
適当にOpenBUGSに計算させるコードを書いてから、下記のように実行すれば、動作は確認できる。
date()
result <- openbugs(data,
inits,
parameters=parameters.to.monitor,
model.file = "~/test.txt",
n.chains=1,
n.iter=14000,
n.burnin=4000,
n.thin = 1,
bugs.directory="/usr/local/OpenBUGS",
working.directory=NULL)
date()